大商所實行黨委會領導下的“三會一層”（黨委會、理事會、監事會、行政管理層）的法人治理結構，形成權責明確、功能完善、運行規范、運轉協調、監督有力的管理體制和運行機制。
- 交易所黨委所黨委是交易所的政治領導核心，始終堅持在黨中央、國務院以及中國證監會黨委堅強領導下，按照民主集中制的原則、透過黨委會會議的形式對黨內工作中的重大問題進行討論和做出決定。所黨委現共有5名黨委委員，其中包括黨委書記1人、黨委副書記1人和其他黨委委員3人。各黨委委員按照“雙向進入、交叉任職”方式，分別進入理事會、監事會和經營層任職，並在各自任職的治理機構中貫徹黨組織的意見或決定。
- 理事會會員大會是交易所的權力機構，由全體會員組成。理事會是會員大會的常設機構，是交易所決策權的具體承擔者，對會員大會負責。理事會現有理事長1人、理事15人，其中會員理事13名、非會員理事3名。專門委員會是理事會的議事機構，協助理事會開展工作，對理事會負責。目前，交易所理事會設有戰略咨詢、風險管理、交易、工業品、農業品、結算、會員資格審查、調解及紀律處分、財務、資訊技術等10個專門委員會。
- 經營管理層經營管理層是交易所的決策執行機構，是交易所各項行政事宜的決策者。行政班子成員是經營管理層權力的具體執行者。目前，交易所行政領導班子成員有總經理1人、副總經理4人。
- 監事會監事會是交易所的監督機構，是交易所決策權行使情況的監督者，對會員大會負責。監事會設監事長1人，監事6人，其中會員監事3名、職工監事3名。
交易所設有辦公室（黨委辦公室）、交易部、結算部、市場監查部、商品一部、商品二部、商品三部、期貨衍生品部、場外業務部、市場發展部（國際業務發展部）、資訊科技一部、資訊科技二部、法律事務部、財務部、人力資源部（黨委組織部）、審計部、黨委宣傳部、紀檢辦公室、上海發展與服務總部等19個內設部門，並在新加坡設定了中國商品交易所新加坡聯合辦事處大商所工作組。此外，還下設了北京大商所期貨與期權研究中心有限公司、大連飛創資訊技術有限公司、大商所飛泰測試技術有限公司、大連商品交易所行政服務有限公司4個下屬單位。
